Jabatan Imigresen dan Pendaftaran Kebangsaan (JIPK) diketuai oleh Pengarah Imigresen dan Pendaftaran Kebangsaan yang dibantu oleh dua orang Timbalan Pengarah iaitu Timbalan Pengarah Imigresen dan Timbalan Pengarah Pendaftaran Kebangsaan. Di samping itu pula, Timbalan Pengarah Pendaftaran Kebangsaan dibantu oleh seorang Penolong Pengarah. Manakala, Timbalan Pengarah Imigresen dibantu oleh empat orang Penolong-Penolong Pengarah yang dipertanggungjawabkan bagi mengetuai 4 bahagian di JIPK iaitu:

• Bahagian Visa dan Pas
• Bahagian Pos Kawalan, Penguatkuasaan Undang-Undang, Pejabat-Pejabat Cawangan
• Bahagian Dasar, Hubungan Antarabangsa, Tapisan Keselamatan, Permit Masuk dan Dokumen Perjalanan
• Pejabat Imigresen dan Pendaftaran Kebangsaan Cawangan Belait

Bahagian Pentadbiran dan Kewangan

Bahagian ini diketuai oleh seorang Pegawai Pentadbir. Bahagian ini bertanggungjawab dalam:

• Hal Ehwal Pentadbiran, kakitangan dan hal ehwal kewangan seperti pembayaran gaji, elaun dan hasil-hasil pendapatan.
• Selain itu bahagian ini juga menyediakan rang belanjawan tahunan dan Projek Kemajuan, serta pengendalian alat-alat pejabat seperti perabot, borang, alat-alat tulis dan lain-lain.

Bahagian Penyelidikan, Perkembangan dan Komputer

Bahagian ini diketuai oleh seorang Ketua Pegawai Imigresen Kanan.

• Bahagian ini juga berperanan dalam merancang perkembangan jangka pendek dan panjang seperti pembinaan bangunan pejabat, Pos-Pos Kawalan, perumahan, pengubahsuaian bangunan dan lain-lain.
• Merancang, menyelidik dan melaksanakan sistem maklumat jangka pendek dan panjang.
• Memperkembangkan tenaga manusia.
• Merancang, meneliti dan memperbaiki sehingga mencapai ke arah kelancaran dan mutu perkhidmatan kepada orang ramai
• Menitik beratkan Undang-Undang dan Akta JIPK.
• Menyediakan dan mengumpul maklumat bagi sebarang penyelidikan dan perkembangan jabatan.

Bahagian Pekerja Asing

Bahagian ini diketuai oleh seorang Ketua Pegawai Imigresen Kanan. Bahagian ini berfungsi dalam:

• Pengeluaran Visa/Pas Kerja kepada warganegara asing yang bekerja di negara ini.
• Pengeluaran Visa/Pas Tanggungan.
• Bahagian ini diberi tanggungjawab untuk mengendalikan pekerja asing yang bekerja di negara ini termasuk tanggungannya seperti; kebenaran Pas Kerja/Tanggungan (jika ada), Visa Kerja dan Tangunggan, Visa Masuk Semula (Re-Entry Visa), Pembatalan dan sebagainya.